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微生物肥料产品中的菌种种类不是越多越好。这主要原因是要求产品中的各微生物种类要能共存、功能上能够互补。为实现同一种产品中所含菌种之间可以相容共存，微生物肥料生产工厂在设计产品时，都要做菌株拮抗试验，即将单纯的每一个菌 种在同一个培养皿的同一个培养基上进行试验，选择能互相相容的菌株用于同一批微生物菌肥中。混合后的每一个菌种都应能保持较高的存活力，不存在相互拮抗。施于土壤后还能从土壤中分离到一定数量的与微生物肥料制造中相同的菌株。
其次是每种微生物肥料产品中各菌种的功能应该互补。将具有不同功能的菌种组合到一个产品中，实现产品功能的多样化和应用效果的稳定。一般在同一产品中含有3种左右的菌种。含有太多菌种的微生物肥料施于农田，由于土壤生态环境中多种因素的影响，往往存活下来的有效菌是有限的。同时，在同一产品中含有过多的菌种，制造工厂也是不经济的。含过多菌种的微生物菌剂施于农田后，能存活并能继续繁殖起作用的菌株，并不等于原来加入的菌株。目前实践中发现，存在许多盲目的菌种组合，如将功能相同的几个不同芽孢菌放到一一个产品里面，这样就失去了合理的菌种组合可以拓展应用功能的目的。微生物肥料应用的土壤环境是多种多样的，功能大致相同的不同菌株存在于同一菌肥中， 会表现出不同的存活率。
