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在水产养殖中应用比较广泛的为枯草芽孢杆菌和地衣芽孢杆菌，此外，丁酸梭菌、凝结芽孢杆菌和侧孢芽孢杆菌等其他一些芽孢杆菌在水产养殖中也有一定范围的应用。使用方法主要有两种：直接投放，净化水质；或作为饲料添加剂使用。
1 改善水体环境
芽孢杆菌在生长过程中能分泌各种不同胞外酶，分解水体中残留有机物和氨氮亚盐等有害物质，从而达到改善水质的目的。芽孢杆菌能将池塘中残留大分子有机物降解为小分子物质，有利于单细胞藻类利用，促进养殖水体中有益藻类生长繁殖，抑制蓝藻等有害藻类生长，维持良好藻相。巨大芽孢杆菌能有效降解水体中亚硝酸盐和难溶性磷。侧孢短芽孢杆菌代谢产物对颤藻有很好的溶藻效果。抑制铜绿微囊藻的生长。
4 抑制病原菌
一些芽孢杆菌如枯草芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌和纳豆芽孢杆菌等均具有分泌抑菌物质的能力，可以不同程度地抑制病原菌的生长繁殖，恢复肠道内稳态，提高机体抗病能力。适当浓度的益生菌可产生抑菌剂，和有害菌竞争生态位点和营养物质，同时在生长代谢过程中还能分泌抑菌物质，来抑制病原菌的生长。与病原菌争夺营养物质，从而提高肠道中益生菌的丰富度。
5 芽孢杆菌平衡水产动物肠道菌群的作用
芽孢杆菌能够在水生动物肠道内生长繁殖，形成优势菌群，参与机体的新陈代谢，改善肠道形态，促进动物生长发育。
所以微生物制剂在水产养殖生产中应用广泛，它们具有改良水质、增加溶氧、降低氨氮、抑制致病菌生长、改善动物体内水环境生态平衡、提高动物抗病与免疫力，促进养殖对象生长等功能。
